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Nature Genetics，A genome-wide CRISPR screen identifies a restricted set of HIV host dependency factors
美怀特海德研究所、拉根研究所和布罗德研究所的研究人员利用CRISPR-Cas9基因编辑技术找出三个有望用于治疗HIV感染的新靶标。
研究者利用CRISPR敲除筛选的策略，将影响HIV感染，同时又是细胞存活非必需的基因。一共找出5个基因，其中它三个在早前的利用RNA干扰（RNAi）的研究中并未被鉴定。
作者描述：我们的研究HIV感染的主要靶标，并找出在病毒对T细胞的感染中起着最为显著性作用的宿主基因。之前的研究已找出几种宿主依赖性因子，包括HIV侵入CD4阳性T细胞所需的两种蛋白：CD4分子、CCR5，唯一被认为治愈HIV感染的一个人就是接受来自携带这种CCR5突变的供者的骨髓移植。2008年的三项利用RNAi鉴定潜在的宿主依赖性因子的研究鉴定出800多种可能的靶标；但是这些结果很少存在重叠，提示着存在较高的假阳性。
原因是：RNAi抑制但不会完全阻断基因表达，这可能允许靶基因产生足够多的蛋白来允许HIV感染，而且它也能够抑制靶基因之外的其他基因表达，从而导致假阳性结果。利用CRISPR对源自HIV敏感性的CD4阳性T细胞的一种细胞系进行筛选，研究人员鉴定出5个基因：当让它们失活时，会让细胞免受HIV感染，同时不会影响细胞存活。
A pooled, genome-wide CRISPR screen for HIV HDFs. (a) Outline of the genome-wide CRISPR screen strategy. WT, wild type; KO, knockout. (b) Flow cytometry analysis (representative of five independent experiments) of cells infected with the HIV-1 strain JR-CSF and expressing GFP as a reporter of productive HIV infection. Where indicated, cells were transduced with sgCCR5 or an sgRNA that does not target protein-coding sequences
in the human genome (nontargeting control). (c) Flow cytometry analysis (representative of three independent experiments) quantifying CD4 and CCR5 expression on the surface of wild-type GXRCas9 cells and GXRCas9 cells that were transduced with the genome-wide sgRNA library and serially infected with HIV-1 strain JR-CSF. (d) Log2-transformed fold change in the abundance of the fifth most enriched sgRNA for every gene following HIV infection. See also supplementary Figure 1 and supplementary table 1. (e) Enrichment of individual sgRNAs for three candidate HDFs and two control genes. Values indicate log2-transformed fold change in abundance following HIV infection. Values for the uninfected group are from GXRCas9 cells that were transduced with the genome-wide sgRNA library and cultured for 3 weeks.
Cas9X 海星生物可以为病毒感染筛选相关的靶向基因提供：全基因组的gRNA病毒、细胞株的构建、验证细胞株的敲除等成熟的技术支撑。
Google Scholar 检索 "Haixing Biosciences"
1. Cas9X®基因编辑服务：影响因子为23.65
Wu W, Pu Y, Gao S, et al. Bacterial Metabolism-Initiated Nanocatalytic Tumor Immunotherapy[J]. Nano-Micro Letters, 2022, 14(1): 1-21.
2. Cas9X®基因编辑服务：影响因子为17.694
Bu, J., Zhang, Y., Wu, S. et al. KK-LC-1 as a therapeutic target to eliminate ALDH+ stem cells in triple negative breast cancer. Nat Commun 14, 2602 (2023).
3. Cas9X®基因编辑服务：影响因子为8.322
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4. Cas9X®基因编辑服务：影响因子为15.992
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5. Cas9X®基因编辑服务：影响因子为38.12
Ma B, Ju A, Zhang S, et al. Albumosomes formed by cytoplasmic pre-folding albumin maintain mitochondrial homeostasis and inhibit nonalcoholic fatty liver disease[J]. Signal Transduction and Targeted Therapy, 2023, 8(1): 229.
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